檢測食品無菌潔凈車間的微生物污染主要有以下幾種方法：

一、空氣微生物檢測

沉降法：這是比較常用的方法。在車間內選定有代表性的采樣點，將裝有營養瓊脂培養基的平皿打開，放置在采樣點暴露一定時間，通常是 15 - 30 分鐘。空氣中的微生物會沉降到培養基上，然后將平皿放入培養箱中，在適宜的溫度（如 36℃±1℃）和時間（48 小時左右）下培養。通過計數平皿上生長的菌落形成單位（CFU），來評估空氣中微生物的污染程度。

浮游菌采樣法：利用專門的浮游菌采樣器，以一定的流量抽取車間內的空氣，將空氣中的微生物收集到液體培養基或固體培養基上。同樣進行培養計數，這種方法能夠更準確地反映空氣中浮游微生物的情況，適用于對空氣質量要求極高的區域。

二、表面微生物檢測

擦拭法：用無菌棉簽蘸取適量的無菌生理鹽水，在車間設備表面、墻壁、地面等位置進行擦拭，擦拭面積要確定。然后將棉簽放入裝有一定量無菌生理鹽水的試管中，充分振蕩使微生物分散。取適量液體接種到培養基上，培養后計數，以此來檢測表面微生物污染情況。

接觸碟法：使用含有培養基的接觸碟，直接按壓在需要檢測的表面，使微生物轉移到培養基上，之后進行培養和計數，這種方法簡單快速，常用于平整光滑表面的檢測。

三、人員微生物檢測

對進入車間的人員手部、工作服等進行微生物檢測。例如，用無菌棉簽對手部進行擦拭，后續步驟同表面微生物檢測方法；或者通過對工作服表面進行接觸碟檢測，以確定人員是否會對車間造成微生物污染。